Książka Wrzesień 1939 w południowej Polsce zawiera artykuły powstałe na bazie referatów wygłoszonych na konferencji naukowej zorganizowanej przez Oddział IPN w Krakowie w 80. rocznicę kampanii polskiej. Poruszono w nich cztery zagadnienia: przygotowania do obrony przed niemiecką agresją, przebieg walk obronnych na południu Polski, sytuację ludności cywilnej oraz popełniane przez Niemców zbrodnie.